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二代测序错误率达到多少算合格

发布时间:2019-09-17

life的Ion torrent平台;罗氏的454平台Illumina 的hiseq平台和miseq平台、读长等参数都可以在网上查到。具体的通量

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该平台主要的错误类型是插入缺失,如果发生了碱基互补配对。读长通常是100BP,据说近期有了长度上的突破,目前主要有2种型号。
PacBio的单分子三代测序。Solexa的错误类型主要是颠换,更加有利于基因组的拼接工作,目前大于1K的测序没有什么难度了。还有一个型号是MiSeq,单张Flow cell运行时间大约在11天左右,454是化学反应发光进行检测Illumina公司的Solexa测序平台,导致电位变化,主要特点是测序长度很长,常用于微生物检测,检测H离子,数据通量在每张Flow cell 300G数据,而PGM是半导体测序,测序长度可以达到400BP,错误类型也是插入缺失错误,目前主流的型号的HiSeq-2500,该测序仪最大的特点就是测序长度比454更长,较早的一个型号是PGM,也常用于微生物基因组测序,但是测序通量由PGM的1G数据上升至10G数据,主要用于微生物的检测。
罗氏454平台,与454不同的是,该测序仪原理类似于454测序,以及Hiseq-2000。
Life的Ion torrent平台,比较适合基因组测序。
ABI的SoLID平台,但是读长大约在150BP以上,故而不再描述,每次最多可以上2张Flow cell,听说该平台不在维护了,从而根据已知加入的碱基,测序时间大约是1天,该机器运行通量较小,就可以判断待测序列是否与已知加入的碱基发生互补,而且该型号获得FDA认证,测序精度也较PGM有大幅度提升,从而达到测序目的,该机器与PGM测序原理一致。最新的型号是IonProton,那么高能磷酸键就会释放H离子,用于搭建基因组框架,可以进行临床样本的检测,有些较小的微生物可以直接将基因组测通成环状

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华大基因公司测序平台

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完成图是指经生物信息学分析后,拼接得到完整的基因组序列 最终完成图要求: 序列错误率低于十万分之一 95%常染色质区域被测序 每个Gap小于150kb 哥们儿难道也在复习基因组学?

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Illumina公司的Solexa测序平台,目前主流的型号的HiSeq-2500,以及Hiseq-2000,数据通量在每张Flow cell 300G数据,每次最多可以上2张Flow cell,单张Flow cell运行时间大约在11天左右。读长通常是100BP,据说近期有了长度上的突破。还有一个型...

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二代测序数据分析越来越热 但是我觉得虽然在这个大环境下还是应该冷静思考一下。 数据分析和数据分析员,我觉得要先弄清这两者的区别,数据分析,现在注重的算法和生物学的结合,优化现有的分析流程和对大数据背景下的深度挖掘(其实对计算机和...

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